刘正雄
党总支书记、所长
主持云南省文物考古研究所（东南亚考古研究中心）全面工作。

戴宗品
党总支委员、副所长
负责考古研究、学术研究及财务工作；分管办公室、考古部、古人类部相关职能职责。

朱忠华
党总支委员、副所长
负责主动性的文物保护和利用、公众考古、考古体验馆建设和管理、文物考古实验平台建设和管理、文物库房建设和管理、对外交流与合作、东南亚南亚考古研究与文物保护基地项目建设及东南亚考古研究中心工作；分管文物建筑部、科技信息部相关职能职责。

杨镜皿
党总支委员
负责办公室日常管理、党建、党风廉政建设（纪检监察）、保密工作、干部人事、群团建设、安全保障及离退休人员管理；分管办公室相关职能职责。

万杨
党总支委员
负责建设工程文物考古、意识形态（宣传）、信息化建设和管理、资产管理与维护；分管办公室、考古部、古人类部、文物建筑部、科技信息部相关职能职责。